プロテクトモードで何か起動しているのなら、ＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳに記述があると思います。
ＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳの内容を書き出してもらえますか？

akmさんありがとうございます。
Config.sysは以下のとおりです。

REM [HEADER]
FILES=20
BUFFERS=20
DOS=HIGH,UMB
DEVICE=C:\WINDOWS.000\HIMEM.SYS
DEVICE=C:\WINDOWS.000\EMM386.EXE X=C800-CFFF
device=C:\WINDOWS.000\biling.sys
device=C:\WINDOWS.000\jfont.sys /p=C:\WINDOWS.000
device=C:\WINDOWS.000\jdisp.sys
device=C:\WINDOWS.000\jkeyb.sys /106 C:\WINDOWS.000\jkeybrd.sys
device=C:\WINDOWS.000\kkcfunc.sys
device=C:\WINDOWS.000\ansi.sys
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\IBMDSS01.SYS
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\IBMDOSCS.SYS /FLASH
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\DICRMU01.SYS /MA=C800-CFFF
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\$ICPMDOS.EXE
rem --- PCMCIA Clients Top --------
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\FLSHDMTD.SYS
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\PAWATASF.SYS /NOBEEP
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\AUTODRV.SYS
rem --- PCMCIA Clients Bottom -----
DEVICE=C:\PCSCF\SCF_ENBL.SYS /PAUSE /V /IO=0110
DEVICE=C:\PCSCF\SCF_ASPI.SYS
DEVICE=C:\PCSCF\ASPIDISK.SYS
DEVICE=C:\PCSCF\SCSICD.SYS /D:SCF001 /ASPI
LASTDRIVE=Z

今自分で気付いたのですが、ひょっとしてWINDOWS.000というフォルダ名が原因でしょうか？

ＷＩＮＤＯＷＳのインストールに失敗するとこういうフォルダ名になる場合があります。
手で直せないこともないですが、面倒なのでもう一度クリーンインストールするほうが・・・。

さて、
ＴＨＩＮＫＰＡＤの専用デバイスの設定がＣＯＮＦＩＧに書き込まれています。
現在のＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳをＣＯＮＦＩＧ．ＢＡＫなどに名前を変更して、
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\IBMDSS01.SYS
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\IBMDOSCS.SYS /FLASH
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\DICRMU01.SYS /MA=C800-CFFF
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\$ICPMDOS.EXE
rem --- PCMCIA Clients Top --------
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\FLSHDMTD.SYS
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\PAWATASF.SYS /NOBEEP
DEVICEHIGH=C:\THINKPAD\AUTODRV.SYS
rem --- PCMCIA Clients Bottom -----
DEVICE=C:\PCSCF\SCF_ENBL.SYS /PAUSE /V /IO=0110
DEVICE=C:\PCSCF\SCF_ASPI.SYS
DEVICE=C:\PCSCF\ASPIDISK.SYS
DEVICE=C:\PCSCF\SCSICD.SYS /D:SCF001 /ASPI
この部分を削除したＣＯＮＦＩＧ.ＳＹＳで起動させてみてください。

ひとまず、これで結果をお知らせください。

実はあの後すぐにWINDOWS.000をGoogleで調べてみました。
実害があると言う人が少数、大半は実害はないが気持ち悪いので変更したか、しまったと思いつつそのまま使っている人たちでした。
私はHDDにファイルをコピーしてあったのでそれほど時間がかからないこともあり再インストールしました。
結果は何も変わりませんでした。
御指摘の「ＴＨＩＮＫＰＡＤの専用デバイスの設定」は、よく考えてみればこれはDOSおよびWIN3.1用のものでした。
560EはFDDしか付属していませんでした（中古品）ので、デスクトップ機（昔のFMV)のCABファイルからインストールCDを作成し、PCカード経由でデスクトップ機で使用していたSCSI-2外付けCD-RにそのCDをセットしてHDDにコピーしていたのでした。（PCカードを認識させるためにDOS用のドライバを組み込んでいたのです）

ところで今回DOSというものに少しだけ関わって（ふだんはMacしか使っていません）、コンベンショナルメモリの確保の過程でConfig.sysがテキストファイルであることを知って驚きました。
DOSって書式に制限があるとは言え人間の言葉を理解できるんですね。

そう言う訳で無事解決できました。
akmさんありがとうございました。

インスト-ルのドライバ-の初期化の時に　vxdエラ-又はフリ−ズをしませんでしたか？
もし発生していたのなら　メモリ-を最小にしてインスト-ルすれば　直ると思います。